Развитие военно-политического кризиса на Балканах и боевых действий НАТО против Югославии весной 1999 г. стимулировали руководство «Аль-Каиды» нанести удар по глобальным политическим интересам и планам США за счет провоцирования внезапного обострения кашмирской проблемы. Этот проект был с энтузиазмом воспринят лидерами кашмирского блока группировок, вынашивавшими амбициозные планы по развертыванию масштабного повстанческого движения – джихада, в индийской части Кашмира. Фактически, данный проект отвечал также интересам части пакистанского генералитета, намеренного усилить давление на Индию в условиях новой стратегической ситуации, обусловленной появлением ядерного оружия у обеих сторон индо-пакистанского конфликта.

В марте – апреле 1999 г., без какого-либо уведомления политического руководства своей страны, начальник Генерального штаба вооруженных сил Пакистана генерал-лейтенант Мухаммед Азиз, другие члены высшего военного командования, а также представители пакистанской Межведомственной разведки ISI, совместно с идейно-политическими лидерами и полевыми командирами кашмирских военизированных группировок, в форсированном порядке отработали все вопросы, связанные с предстоящей военной операцией в индийском секторе Кашмира. При этом, финансовая сторона вопроса обеспечивалась ресурсами «Аль-Каиды». Запланированная операция получила наименование «Бадр», имевшее отчетливую ссылку на исламскую историческую традицию - по названию аравийской горы, вблизи которой пророк Мухаммед в VII веке разгромил войско многобожников.

С конца апреля началась скрытая инфильтрация боевиков организаций Harkat-ul-Mujahedeen, Hizb ul-Mujahedeen, Lashkar-e-Tayyba, усиленных откомандированными кадровыми военнослужащими легкой пехоты из состава пакистанской регулярной армии, через линию прекращения огня в Кашмире, именуемую в документах ООН «линией контроля». Проникновение происходило по заранее разведанным маршрутам через горные перевалы в секторе Каргил на фронте протяженностью 120 – 140 км. Всего в индийскую зону контроля перешло, по различным оценкам, до полутора тысяч моджахедов. Параллельно с этим в зоне операции осуществлялось накопление вооружения, боеприпасов; сооружались укрепления, минировались пути вероятного выдвижения противника. В результате тщательно спланированных и скрытых действий формирования боевиков сумели обеспечить себе оперативно-тактические преимущества еще до начала боевых действий, и добиться стратегической внезапности, фактически застав противника врасплох.

Все действия индийской стороны в предварительный период конфликта были охарактеризованы позднее назначенной правительственной комиссией по расследованию как «коллективная некомпетентность на всех уровнях». Обозначился фактический провал военного командования и разведывательного сообщества Индии, не сумевших до конца вскрыть масштабные приготовления и замысел противостоящей стороны, и игнорировавших поступавшую очевидную информацию – доклады командиров передовых подразделений об активном перемещениях боевых групп вдоль линии прекращения огня, сообщения местных жителей о появлении большого количества незнакомых людей, сведения о закупке пакистанской стороной через европейских посредников 50.000 пар зимних горных ботинок и десятков тысяч комплектов утепленной униформы, и многое другое. Индийское командование не имело представления о проникновении и присутствии сотен вооруженных боевиков на контролируемой территории до 8 мая, когда одно из его подразделений неожиданно попало в засаду. Только после этого, в течение нескольких суток оно уяснило себе всю остроту сложившейся ситуации, и начало предпринимать меры пресечения.

Ожесточенные бои развернулись на высоте 4.500 – 5.000 метров над уровнем моря. Индийские войска, в основном спешно переброшенные подразделения из других секторов, и не успевшие пройти акклиматизацию, были вынуждены, преодолевая глубокий снежный покров, продвигаться вверх по крутым, иногда почти отвесным, склонам под плотным огнем крупнокалиберных пулеметов, гранатометов, минометов противника, оседлавшего все командные высоты. Потери от огня, горной болезни и низких температур были огромными; некоторые батальоны 8-й горнопехотной и 3-й пехотной дивизий были выбиты почти целиком. Поддержка авиации потеряла свое значение через 24 часа, когда огнем переносных зенитно-ракетных комплексов были сбиты 2 боевых самолета и 1 вертолет, и командование было вынуждено отдать приказ о переходе к нанесению ракетно-бомбовых ударов со среднего эшелона высоты, что тотчас же отразилось на их точности. Восемнадцать артиллерийских полков – свыше 100 стволов, в т.ч. 155-мм шведские гаубицы Bofors и 130-мм советские дальнобойные пушки М46, - вели столь интенсивный огонь, что к исходу первой недели контрнаступления потребовалась замена стволов и создалась угроза нехватки боеприпасов. Тем не менее, боевики, укрепившиеся в сангарах – блиндажах из камня и иного подручного материала, ожесточенно бились за каждую высоту, неся при этом весьма ограниченные потери от огневого воздействия индийской стороны. С другой стороны линии контроля их поддерживала артиллерия армии Пакистана.

К концу мая эскалация боевых действий, спровоцированных вторжением боевиков, достигла своего пика, напрямую выведя двусторонние отношения между Индией и Пакистаном на предвоенный уровень. Индо-пакистанский кризис принял международное измерение. А в начале июня в ситуацию был привнесен ядерный аспект. Американские средства космической разведки зафиксировали признаки подготовительных мероприятий по приведению ядерных сил сторон в режим повышенной боевой готовности. В считанные часы название небольшого поселка Каргил, затерянного в отрогах Гималаев, вокруг которого и велись основные бои, зазвучало в ведущих мировых столицах. В этой драматической ситуации Вашингтон был вынужден в форс-мажорном порядке, несмотря на развертывание решающей стадии войны против Югославии, отвлечь самые существенные и затратные политические, финансовые и военные ресурсы от балканской проблемы с целью оперативного разрешения кризиса и блокирования угрозы ядерной войны на Индостане. Под американским прессингом пакистанские генералы отдали приказ на свертывание операции, лишив огневой поддержки и тылового обеспечения формирования кашмирских боевиков, которые к началу июля отошли за линию контроля из индийского сектора на территорию Пакистана. Тем не менее, запланированную комбинацию руководства «Аль-Каиды» по дестабилизации американских интересов и демонстрации намерений и решимости транснациональных структур радикального направления ислама, можно было считать решенной.

Одиннадцать недель жестокого противостояния на самом высокогорном поле боя в истории человечества дорого обошлись Индии, армия которой потеряла, только по официальным данным, 487 военнослужащих убитыми и свыше 1.100 раненными, а финансовая система – сотни миллионов долларов. «Каргильский инцидент» (именно такое наименование получил в мировых средствах массовой информации индо-пакистанский кризис 1999 г.) со всей очевидностью продемонстрировал на первый взгляд парадоксальный, но от этого не менее реальный факт: легковооруженные иррегулярные формирования партизанского типа численностью в несколько сотен идейно мотивированных боевиков оказались способными продолжительное время оказывать жесткое сопротивление превосходящему по всем параметрам противнику (нескольким десяткам тысяч военнослужащих третьей по численности армии мира, имеющей современное вооружение и военную технику), нанести политический и финансово-экономический ущерб крупному государству, а также спровоцировать кризис регионального, а затем и международного масштаба.

Однако, последовавшие вскоре вслед за Каргилом события, несмотря на различие в предпосылках, контексте и деталях, вновь фактически повторили этот парадокс – сначала в Дагестане в августе 1999 г., тогда же Кыргызстане и Узбекистане, и снова в Центральной Азии, но уже в августе 2000 г., и в Македонии весной – летом 2001 г.